Nereti smadzenes un datori tiek salīdzināti – galu galā tie abi savā ziņā ir domāšanas mašīnas.
Cilvēki bieži raksturo smadzenes kā datoru, it kā neironi būtu aparatūra, bet prāts – programmatūra. Tomēr šī metafora ir kļūdaina. Dators ir veidots no statiskām daļām, turpretim smadzenes nepārtraukti pārveidojas, kad mēs novecojam un apgūstam ko jaunu. Dators glabā informāciju failos, kas tiek izgūti precīzi, bet smadzenes neuzglabā informāciju tiešā nozīmē. Smadzenes dara arī ko tādu, ko mūsdienās datori nespēj. Ar tūkstošiem fotogrāfiju palīdzību datoru var apmācīt atpazītu pieneni kā augu ar zaļām lapām un dzeltenām ziedlapiņām. Tomēr jūs varat aplūkot pieneni un saprast, ka dažādās situācijās tā pieder pie dažādām kategorijām. Pienene jūsu sakņu dārzā ir nezāle, bet jūsu bērna pušķī tā ir apburošs zieds. Pienene salātos ir ēdiens, taču cilvēki pienenes lieto arī kā augu izcelsmes zāles.
Citiem vārdiem sakot, jūsu smadzenes bez piepūles klasificē objektus pēc to funkcijām, nevis tikai pēc fiziskās formas. Daži zinātnieki uzskata, ka tieši šī neticamā smadzeņu spēja var būt smadzeņu darbības pamatā. Turklāt atšķirībā no datora, jūsu smadzenes nav daļu kopums tukšā korpusā. Jūsu smadzenes apdzīvo ķermeni, sarežģītu sistēmu tīklu, kurā ietilpst vairāk nekā 600 kustīgu muskuļu, iekšējie orgāni, sirds, kas sūknē 7500 litrus asiņu dienā, un desmitiem hormonu un citu ķīmisku vielu, kas visas ir nepārtraukti jākoordinē. Jūsu smadzeņu svarīgākais uzdevums ir regulēt jūsu ķermeņa sistēmas, lai jūs dzīvotu un, iespējams, pat attīstītos. Tas, iespējams, ir galvenais iemesls, kāpēc smadzenes vispirms attīstījās.
Jūsu smadzenes kontrolē jūsu ķermeni. Katra doma, kas jums jebkad ir ienākusi prātā, katrs jēdziens, ko jebkad esat iemācījies, katra emocija, ko jebkad esat piedzīvojis, un viss, ko jebkad esat redzējis, dzirdējis, smaržojis, garšojis vai pieskāries, ietver datus par jūsu ķermeņa stāvokli. Ja mēs vēlamies datoru, kas domā, jūt, redz vai rīkojas tāpat kā mēs, tam ir jāregulē ķermenis vai kaut kas līdzīgs ķermenim ar sarežģītu sistēmu kopumu. Mūsdienu datori šādā veidā nedarbojas, tādēļ vismaz pagaidām „smadzenes kā dators” ir tikai metafora. Metaforas var būt brīnišķīgas, lai vienkārši izskaidrotu sarežģītas tēmas, taču tās neizdodas, ja cilvēki metaforu uztver kā skaidrojumu.